Thomas memimpin kelompok Gladers yang melarikan diri dalam misi terakhir dan paling berbahaya mereka. Untuk menyelamatkan teman-teman mereka, mereka harus membobol Kota Terakhir yang legendaris, labirin yang dikendalikan WCKD yang mungkin berubah menjadi labirin paling mematikan. Siapa pun yang berhasil keluar hidup-hidup akan mendapatkan jawaban atas pertanyaan yang diajukan Gladers sejak mereka pertama kali tiba di labirin.
